わが国は、2019年の年末から中華人民共和国の湖北省武漢市から感染爆発し、以降世界各地で感染が拡大した重大特殊伝染性肺炎（即ち「武漢肺炎」、COVID-19、日本でいう新型コロナウイルス感染症である）を防止するため、そして国民の健康を守り、国内の経済・社会へ対する巨大な打撃に備えて、2020年1月22日に労働部から関連説明を発表したとともに、2020年2月25日に「重大特殊伝染性肺炎の防止及び支援振興に関する特別条令」（以下「本条令」という）を公布した。発効日は2020年1月15日まで遡り、2021年6月30日まで有効だと暫定的に定めた。本条令は、労働者がコロナウイルスのせいで政府命令により隔離される場合や、生活に自立できない家族を介護するための休暇と給与の問題を含む。また、本条令において触れていない従業員の自主健康管理期間内の休暇と給与なども、本文が説明するポイントになる。
一、 防疫の特別休暇の種類
我が国現在の法規及び労働部の説明により、防疫のための特別休暇は以下の通りに分類できる。
（一） 隔離防疫休暇：従業員は在宅隔離、在宅検疫、集中隔離または集中検疫を受ける場合、本条令第3条第3項前半に基づき、雇用主が従業員に与える休暇である。
（二） 介護防疫休暇：従業員は生活に自立できない家族を介護するため、当該家族が在宅隔離、在宅検疫、集中隔離または集中検疫を受ける場合、当該家族が隔離や検疫期間内において、本条令第3条第3項後半に基づき、雇用主が従業員に与える休暇である。
（三） 自主防疫休暇：従業員は自主健康管理を受ける時、自主健康管理期間内に労働部の説明に基づき、雇用主が与える休暇である。
二、 防疫休暇について、雇用主は別の休暇で処理できるか、出勤に影響するか。
（一） 隔離防疫休暇：本条令第3条第3項前半に基づき、隔離防疫休暇はその他の休暇（例えば用事休暇、病気休暇）で取り換えてはいけない。また欠勤で処理してもいけなく、皆勤手当を差し引くなど出勤を査定する根拠にしてはならない。
（二） 介護防疫休暇：本条令第3条第3項後半に基づき、介護防疫休暇は隔離防疫休暇と同じ、その他の休暇（例えば用事休暇、病気休暇）で取り換えてはいけない。また欠勤で処理してもいけなく、皆勤手当を差し引くなど出勤を査定する根拠にしてはならない。
（三） 自主防疫休暇：労働部の説明によると、雇用主は自主防疫休暇の取得について従業員と相談し、従業員が同意した上、普通の病気休暇や用事休暇、年次有給休暇、振替休暇で処理する。または勤務時間を調整し、従業員の出勤時間を変更する。
三、 防疫休暇について、雇用主は従業員に給与を支給しなければならないか。
（一） 隔離防疫休暇：本条令第4条第1項に基づき、雇用主は「給与を支給すべき」などの文字は見当たらないが、雇用主は当年度の所得税の申告金額から支給した給与の200％を差し引くことができる。これは、雇用主に何らかの不利益もなく、かえって雇用主に従業員の給与を支給させる動機を与えるに見える。
（二） 介護防疫休暇：上記隔離防疫休暇の説明を参照。
（三） 自主防疫休暇：雇用主は、従業員と相談して出勤の方式や休暇の種類を決められるなら、給与を支給するかについても、仮に従業員は自ら政府の政策に協力し会社に出勤しない場合、交渉した休暇の種類について、「労働者休暇申請規則」に従い処理するので、場合によって異なている。
1. 普通の病気休暇：労働者休暇申請規則第4条第3項に基づき、給与の半分を支給する。
2. 用事休暇：労働者休暇申請規則第7条第2項に基づき、給与を支給しない。
3. 特別休暇：当日の給与を支給する。
4. 残業振替休暇：当日の給与を支給する。
5. 勤務時間を調整：出来高賃金を支給する。残業があれば、手当を支給する。ただし従業員が会社に出勤したいというのに、雇用主に懸念があって仕事を休んでほしいという場合は、労働部の説明により、雇用主は勤務受領遅延となり、法に従い、自主防疫休暇期間の給与を支給しなければならない。
関連参考法令
《重大特殊伝染性肺炎の防止及び支援振興に関する特別条令》
第3条
各衛生主務官庁に在宅隔離、在宅検疫、集中隔離または集中検疫を受けるべきだと認定される者、及び生活に自立できない隔離・検疫された者を介護するために休暇をとるや仕事に従事できない家族は、衛生主務官庁に隔離・検疫された者は隔離・検疫の関連規定を違反していないと認定され、隔離・検疫を受ける日から終了する日まで、防疫補償を申請することができる。ただし給与が支給される者またはその他の法令規定に従い同じ性質の支援金をもらった者は、重複して受け取ることができない。
上記の防疫補償の申請は、隔離・検疫が終了した日から2年間に行使しないと消滅する。在宅隔離、在宅検疫、集中隔離または集中検疫を受ける者は、隔離・検疫期間内において、勤めている機関（機構）、事業、学校、法人、団体は防疫隔離休暇を与えなければならない。または欠勤と見なしても、用事休暇や別の休暇で処理してはならない。皆勤手当を差し引くことや、解雇その他不利処分をしてはならない。生活に自立できない隔離・検疫された者を介護する家族が休暇をとる場合も同じである。
第1項防疫補償を給付する対象、資格条件、方式、金額、手続き及びその他関連事項の詳細は、中央衛生主務官庁が関連機関とこれを決める。
第1項に従い、もしくは中央流行疫病指揮センター指揮官の応変処置により、休暇もしくは休業で生計が影響される者は、主務官庁は社会救助法及び関連法令に基づき、救助しなければならない。
第4条
機関（機構）、事業、学校、法人、団体は前条第3項規定に従い、従業員に休暇期間の給与を支給する場合、当該給与金額の200%を当年度の所得税の所得金額から差し引くことができる。中央流行疫病指揮センター指揮官の応変処置により、従業員が休暇をとる期間に支給した給与も、同じである。
前項の従業員給与金額が、その他の法律の税金優遇を適用する場合、前項規定を適用しない。第1項の休暇期間、従業員に支給した給与金額範囲、所得金額範囲及び差し引く方式、申請期限、申請手続き、添付すべきな証明書類及びその他関連事項の詳細は、中央衛生主務官庁が財政部とこれを決める。
《労働者休暇申請規則》
第4条
労働者が普通の傷害、病気または生理的な原因で治療や療養が必要な場合、以下の規定範囲内で普通傷病休暇をとることができる。
一、 入院していない場合は、1年間に合計30日を超えてはいけない。
二、 入院していた場合は、2年間に合計1年間を超えてはいけない。
三、 入院していない傷病休暇と入院していた傷病休暇の合計は、2年間に1年間を超えてはいけない。
医師からがん（上皮内がんを含む）と診断され通院して治療する場合や、妊娠期間に安静する必要がある場合、その治療または安静する期間は、傷病休暇に入れて計算する。
1年間の普通傷病休暇は30日を超えていない部分は、給与は半額にして支給する。労働者保険の普通傷病給付をもらい、給与の半分に達していない部分は、雇用主が補填する。
第7条
労働者が私用があって、自ら処理しなければならない場合、用事休暇をとることができる。1年間の合計は14日を超えてはならない。用事休暇には給与を支給しない。
労働部が2020年1月22日に発表した「『武漢肺炎』に対応するため防疫措置、労働者の休暇取得及び給与支給規定の説明」（その一部は「重大特殊伝染性肺炎の防止及び支援振興に関する特別条令」の公布施行で暫く適用しない）
「武漢肺炎」（世界保健機関は正式名称を「COVID-19（新型コロナウイルス感染症）」に決定した）感染の確診例が現れたに伴い、労働者が防疫のため休暇取得、給与支給などの疑義も生じたため、労働部から以下の通り説明した。
一、 労働者が「武漢肺炎感染」で隔離治療が要求された場合：
（一） 職業上の原因での感染
労働者は職業上の原因で「武漢肺炎」感染になったと認定されたら、雇用主は公傷病気休暇を与え、本来の給与と同じ金額の補償金を支給すること。労働者がこれによって死亡、能力喪失、傷害又は病気になった場合、雇用主は労働基準法の労働災害関連規定に従い補償しなければならない。
（二） 職業上の原因でない感染
労働者が「武漢肺炎」に感染した原因は、その職業からきたではなければ、隔離治療期間は普通の病気休暇、特別休暇または用事休暇をとることができる。
二、 労働者は「武漢肺炎感染」ではなく、ただ接触した恐れがあり、防疫主務官庁から自主健康管理を要求された場合：
（一） 衛生主務官庁の自主健康管理の要求に合わせ、自ら在宅休養：
労働者が自ら在宅休養（隔離）する者は、普通の病気休暇、用事休暇、特別休暇をとることができる。もしくは雇用主と交渉したうえ、勤務時間を調整する。
（二） 雇用主は、労働者に自主管理通知書が届いたと考え、その出勤に疑問があり、労働者に出勤しないように要求した場合、雇用主が労務受領遅延になるので、給与を支給しなければならない。
三、 労働者は、家族が病気か自主健康管理要求のため、自分で介護する場合：
《性別勤務平等法》規定に従い、労働者は家族介護休暇を取得できるほか、《労働者休暇申請規則》に従い用事休暇を取得できる。もしくは雇用主と話し合い、特別休暇を入れる。家族介護休暇をとった労働者は、その休暇日数は用事休暇と併せて計算し、1年に2日があり、両親双方別々にこの規定に従い休暇を取得できる。また労働者が休暇申請する時、雇用主は拒否してはならない。欠勤で処理してもいけなく、皆勤手当や勤務評定の成績を影響してはならない。又はその他の不利処分をしてもいけない。
